Και επίσημα τέθηκαν εκτός οδηγού σπουδών 36 συνολικά πανεπιστημιακά τμήματα σε όλη την Ελλάδα, τα οποία και είχε σχεδιάσει στο χαρτί ο πρώην Υπουργός του ΣΥΡΙΖΑ Γαβρόγλου.
Ειδικότερα για το Κρήτη, τα τμήματα που είχε σχεδιάσει ο ΣΥΡΙΖΑ επί Γαβρόγλου, ήταν το Επιστήμης και Τεχνολογίας Τροφίμων στο Ηράκλειο, το Επιστήμης Φυσικής Αγωγής στον Άγιο Νικόλαο, των Μηχανικών Βιοϊατρικής στο Ηράκλειο, των Μουσικών Σπουδών στο Ρέθυμνο, της Φυσικοθεραπείας στην Ιεράπετρα και των Χημικών Μηχανικών στα Χανιά.
Τα τμήματα ωστόσο είχαν σχεδιαστεί μόνο στο … χαρτί και μάλιστα με πολλή κακή οργάνωση. Χαρακτηριστικό είναι το γεγονός πως ο Υπουργός του ΣΥΡΙΖΑ σκόπευε να ιδρύσει δύο συναφείς σχολές όπως είναι η Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και η Φυσικοθεραπεία, με την έδρα της μίας να είναι στον Άγιο Νικόλαο και την άλλη στην Ιεράπετρα. Αυτό πρακτικά σήμαινε πως θα έπρεπε να φτιαχτούν δύο διαφορετικά εργαστήρια εκατοντάδων χιλιάδων ευρώ σε δύο διαφορετικές πόλεις, τη στιγμή που εφόσον οι σχολές ήταν στην ίδια πόλη θα μπορούσαν να μοιράζονται κοινό εργαστήριο.
Την ίδια ώρα, η λογική Γαβρόγλου ήθελε το Ελληνικό Μεσογειακό Πανεπιστήμιο να εντάσσει τμήματα Μηχανικών στο σχεδιασμό, ενώ υπάρχει το Πολυτεχνείο Κρήτης που θα μπορούσε πολύ καλύτερα και αρτιότερα να φιλοξενήσει τέτοιες ειδικότητες. Στο μεταξύ, εκτός των σοβαρών τεχνικών λαθών και παραλείψεων, το βασικότερο πρόβλημα σχετίζεται με τα μέλη ΔΕΠ, καθώς για να λειτουργήσουν αυτά τα τμήματα θα έπρεπε να αυξηθούν τόσο τα μέλη της πανεπιστημιακής κοινότητας όσο και οι δαπάνες για την Παιδεία.
Κι όλα αυτά συμβαίνουν ενώ η τωρινή κυβέρνηση έχει αρχίσει ήδη να συζητά την προοπτική συγχώνευσης των δύο Πανεπιστήμιων (Κρήτης και ΕΛΜΕΠΑ) στη λογική των συγχωνεύσεων που ακολουθήθηκαν για άλλους λόγους τόσο την Θεσσαλία, όσο και στην Πάτρα. Η λογική μοιάζει να βασίζεται στο γεγονός ισχυρών Πανεπιστημίων με επαρκές προσωπικό, που θα ανταποκρίνεται στις σύγχρονες ανάγκες και τις εκπαιδευτικές απαιτήσεις. Προς το παρών ωστόσο, κανένας επίσημα δεν παραδέχεται πως έχει ανοίξει η συζήτηση της συγχώνευσης και όλοι κάνουν σαφές, πως τέτοιο θέμα δεν υπάρχει.